Mapala Silvagama mengenal dua bentuk sistem kepengurusan, yaitu pengurus harian dan presidensiil. Pada prinsipnya, perbedaan keduanya ada di hak dan wewenang ketua dan atau ketua umum dalam mengatur organisasi.
Saat ini (periode 2011-2012), Sistem kepengurusan Mapala Silvagama adalah berbentuk pengurus harian. Pengurus harian Mapala Silvagama terdiri atas Ketua Umum, Ketua I, Ketua II, Sekretaris, dan Bendahara serta seluruh perangkatnya. Berikut adalah susunan kepengurusan Mapala Silvagama periode 2011-2012 :